Wachters Werke wurden in über hundert Einzelausstellungen gezeigt. Seine Themen sind teilweise der christlich-jüdischen Tradition entnommen. Viele Werke Wachters sind in Sakralbauten zu sehen, insbesondere seine vielen Kirchenfenster und die Glockenzier von Kirchenglocken. Auch ganzer Kirchengebäude hat Wachter gestaltet. Dabei scheute er den Umgang mit modernen Baustoffen nicht, was sich in seinen Reliefs aus Beton zeigt.

Neben den vielfältigen Werken in Sakralbauten schuf Emil Wachter ein immenses Epos weltlicher Malerei, das Tuschen und Aquarelle mit fernöstlicher Anmut und Poesie ebenso umfasst, wie Ölbilder (etliche großformatige Triptychen), die in Farbigkeit und Vielschichtigkeit Landschaften, Menschen und skurrile Tiergestalten zeigen.